Rozgrywany jest na nowotarskim lotnisku oraz terenach do niego przyległych. Pierwszy bieg im. Jana Pawła II odbył się w 2004 r. W swoim zamyśle miał prowadzić z Nowego Targu do Zakopanego, dwóch miast które podczas swojego pontyfikatu odwiedził papież Jan Paweł II.
W dwóch pierwszych edycjach Biegu Podhalańskiego brała udział późniejsza mistrzyni Justyna Kowalczyk.
