Budowa nowotarskiego szpitala rozpoczęła się w latach 70-tych XX wieku, a jej zakończenie nastąpiło dopiero w 2008 roku. W tym też roku Rada Powiatu Nowotarskiego podjęła stosowną uchwałę nadającą szpitalowi imię Jana Pawła II.
Osobę patrona upamiętnia postument Ojca Świętego znajdujący się w holu przy głównym wejściu.
