Parafia „Na Równi Szaflarskiej” w Nowym Targu została erygowana dekretem Arcybiskupa Metropolity Krakowskiego z dnia 20 listopada 2006 roku. Co ciekawe, nie został wówczas wyznaczony patron budowanego kościoła, gdyż zamiarem władz kościelnych jak i wiernych było, by mógł nim stać się Jan Paweł II.
Kamień węgielny pochodzi z Bazyliki św. Piotra w Rzymie i został poświęcony 13 sierpnia 2008 r. przez Ojca Świętego Benedykta XVI.
9 listopada 2008 roku Ks. Kardynał Stanisław Dziwisz uroczyście wmurował kamień węgielny pod budowę świątyni. W dzieło budowy włączyli się nie tylko parafianie, ale cała społeczność Nowego Targu jak również mieszkańcy okolicznych miejscowości. Swojego wsparcia nie szczędziła również Polonia amerykańska i kanadyjska hojnie wspierająca budowę, dzięki czemu 3 grudnia 2011 roku świątynia została uroczyście poświęcona przez Metropolitę Krakowskiego.
Z dniem 1 maja 2011 roku, z chwilą ogłoszenia przez Benedykta XVI Jana Pawła II błogosławionym, kościół przyjął za swojego patrona – papieża Polaka.
W kościele są przechowywane niezwykle cenne dla wiernych relikwie św. Ojca Pio oraz podarowane przez kardynała Stanisława Dziwisza w dniu poświęcenia świątyni relikwie krwi Jana Pawła II.
Tych dwóch wielkich ludzi kościoła spotkało się tylko raz w San Giowanni Rotondo w 1948 roku. Wiele wskazuje na to, że ojciec Pio podczas tego spotkania poznał przyszłość młodego księdza z Polski.